Todas as culturas da quinta são fertilizadas com estrume produzido na própria exploração pelos animais existentes. Nas culturas anuais, mais exigentes em nutrientes, faz-se rotação de culturas cultivando nas zonas de pousio algumas espécies benefeciadoras do solo, para posteriormente as enterrar fazendo uma adubação verde.
A localização e exposição da quinta, assim como o seu abandono durante anos, faz com que culturas aqui produzidas não sejam vulneráveis a ataques de pragas e doenças.

Ao escolher os animais a produzir na exploração a Quinta da Alagoa levou mais longe o conceito de Agricultura Biológica e da preservação da Biodiversidade. Deste modo os animais escolhidos são raças autóctones da região em vias de desaparecimento.
Actualmente a quinta possui um efectivo permanente de 20 bovinos da raça Maronesa (certificados como em produção biológico), estando previsto a aquisição de ovelhas Churras e de suínos Bisaros. Todos os animais, à semelhança do que acontece com os Bovinos, serão produzidos de forma extensiva.

Estas plantas normalmente são usadas como condimento na alimentação humana, ou em infusões e tisanas. Por este motivo, na quinta da Alagoa, não é feito qualquer tratamento a estas plantas não biológico, garantindo assim a qualidade das plantas para consumo humano.

A quinta da Alagoa, aproveitando os seus inúmeros recursos, produz azeite, vinho e vinagre. Estando previsto a produção de compotas, enchidos, queijo, frutos secos e plantas secas.
O azeite laborado na exploração, feito com azeitonas produzidas de modo biológico, é em pequena quantidade e num pequeno lagar certificado. Devido a este facto o azeite tem padrões de qualidade invulgares, tendo obtido na ultima campanha (2003/04) os seguintes resultados:

Acidez máxima 0.15%
K270 0.10
Peróxidos Meq/Kg 2
O vinho, de uvas produzidas do modo biológico, é laborado de forma tradicional, estagiando em casco de carvalho. A graduação ronda normalmente os 13%Vol.
O vinagre é produzido a partir de mosto de uvas (produzidas de modo biológico) sendo posteriormente envelhecido em casco de carvalho.